روش تحقیق یک مقاله‌ی علمی و پایان‌نامه از بخش های بسیار مهم است که باید با ظرافت و دقت کافی نوشته شود. در این بخش از مقاله علمی باید محل انجام تحقیق و شرایط حاکم بر آن مشخص گردد و شرایط مکانی و زمانی انجام آن به طور دقیق مشخص شود. در بخش روش تحقیق باید پارامترها و صفات مورد اندازه‌گیری و روش اندازه‌گیری آن‌ها مشخص گردد. در واقع در این بخش شما باید بحث یا توضیحی را در مورد روش‌ها و ابزارهای معمولی که می‌خواهید به کمک آن‌ها به اهداف تحقیق شما نایل شوید ارائه دهید.

شما می‌توانید مشکلاتی که در آینده ممکن است در این بخش با آنها مواجه شوید نیز بپردازید. البته ممکن است که بعضی از قسمت‌های روش تحقیق برای خواننده مبهم باشد. باید رویکرد روش تحقیق خود را مشخص نموده و بخش‌های مبهم آن را تشریح نمایید. در بیان روش تحقیق خود همواره صادق باشید یعنی آنکه هم نقاط قوت و هم نقاط ضعف آن را نشان دهید.

در واقع شما با این کار نشان می‌دهید که به جنبه ‌ای تحقیق خود واقفید. یکی از دلایل ردّ پروپوزال این است که روش تحقیق آن با سؤال‌ها تحقیق سازگاری ندارد و پاسخگوی سؤال‌ها تحقیق نیست. بعضی اوقات در نگارش روش تحقیق در صورت لزوم می توانید که با ارجاع به منابع درگیر دلایل و توجیه خود را ارائه دهید. برای بخش هایی که قابل تفکیک می باشند،  روش تحقیق را نیز تفکیک نمایید. در قسمت روش تحقیق می توان تیترهای فرعی ذیل را تفکیک نمود.

موضوع، طرح، ابزار، فرآیند، تجزیه و تحلیل

البته نه تنها در بخش روش تحقیق بلکه د ر مرور منابع نیز می توان این تیترها را استخراج و لحاظ نمود. لذا یک روش تحقیق مفید بایستی شامل مراحل زیر باشد.

• رویکرد روش شناختی عمومی را برای مسأله یا مشکل خود مطرح نمایید. یعنی اینکه مشخص کنید که رویکرد شما کمی است و یا کیفی؟ یا اینکه آیا می خواهید یک کار آزمایشگاهی انجام دهید؟
• رویکرد تحقیق شما باید با طرح تحقیق شما انطباق داشته باشد. یعنی این که نباید برای یک طرح کمی روش های کیفی را به کار ببرید. لذا اطمینان حاصل کنید که روش های تحقیق شما به سؤال ها شما پاسخ دهند به عبارتی با نوع سؤال شما سازگار باشند.
• باید نشان دهید که شیوه گردآوری اطلاعات چیست؟ یعنی می خواهی از متون کتابخانه ای استفاده کنید، نمونه برداری کنید و یا این که پرسشنامه پر کنید.
• شرح دهید که چگونه می خواهید نتایج خود را تحلیل و تفسیر کنید. آیا می خواهید از یک چشم انداز نظری ویژه استفاده کنید یا خیر (که مربوط به تحقیق کمی است). ذکر روش آماری که می خواهید برا ی تجزیه و تحلیل داده ها از آن استفاده کنید می تواند اطلاعات بیشتری به خواننده ارائه نماید.
• ذکر روش آماری که می خواهید برای تجزیه و تحلیل داده ها از آن استفاده کنید می تواند اطلاعات بیشتری به خواننده ارائه نماید.
• چنانچه ضرورت دارد، در مورد روش تحقیق خود توضیح خاصی ارائه دهید تا دیگران بیشتر با روش تحقیق شما آشنا شوند.
• محدودیت های بالقوه موجود را روشن کنید. روش کنترل خطاهای محاسباتی با اندازه گیری را ذکرکنید.

انواع محدودیت‌ها در نوشتن روش تحقیق یک مقاله‌ی علمی و پایان‌نامه

• زمان بندی مراحل انجام پایان‌نامه

که در آن مدت زمان انجام کار تحقیق خود را ارائه می دهید. با انجام این کار، تحقیق خود را سازماندهی نموده و می فهمید که در حین انجام تحقیق از برنامه زمانی خود چقدر جلو و یا عقب می باشید. برای این کار پیشنهاد می شود که یک جدول تهیه نموده و مراحل زمان بندی شده انجام پایان نامه خود را براساس ماه و یا در صورت ضرورت ۱۵ روزه تنظیم نمایید.

• فهرست منابع

در این بخش از پرپوزال، باید کلیه منابعی را که در پرپوزال از آنها به صورت مستقیم استفاده کرده اید یعنی مطلبی را از آنها در پرپوزال درج نموده اید. به ترتیب الفبایی بنویسید. در نگارش فهرست منابع به قالب (فرمت ) بندی دانشگاه محل تحصیل خود مبنی بر روش ذکر منابع رجوع نمود و از آن تبعیت نمایید.

• جدول هزینه ها

در این بخش معمولاً هزینه های لازم برای انجام پایان نامه در قالب جدول به تفکیک هزینه های مواد و وسایل آزمایشگاهی، مسافرت، پرسنلی و هزینه های پیش بینی نشده ذکر می شود.

• نمودار جریانی انجام تحقیق

در این نمودار کلیه مراحل انجام تحقیق در قالب یک نمودار جریانی (فلوچارت) ارائه می شود. بدین ترتیب تقدم و تأخر انجام مراحل کار و نیز نحوه ارتباط بین مراحل مختلف تحقیق کاملا مشخص می شود. تهیه این نمودار هم به شما این فرصت را می دهد تا بهتر به نحوه انجام تحقییق در پایان نامه خود پی ببرید و هم به خواننده پرپوزال نشان می دهید که چگونه می خواهید تحقیق خود را سازماندهی کنید.